% cp sample1.dat sample2.dat

sample1.dat を sample2.datにコピー

% cp sample1.dat sample2.dat sample3.dat dir/

sample1.dat・sample2.dat・sample3.dat をディレクトリ dir の下にコピー

% cp *.txt *.txt.bak

操作に慣れていないうちは、

alias cp "cp -i" (csh・tcsh の場合)
alias cp="cp -i" (sh・bash の場合)

を設定しておくとよい。
(コマンド alias)

ディレクトリ dir1 以下に、ファイル foo・bar があった場合、

% cp -R dir1 dir2

は、ディレクトリ dir2 の下にディレクトリ dir 1をコピーする。つまり

dir2/dir1/foo、dir2/dir1/foo

というファイルが新たに作成される。一方、

% cp -R dir1/ dir2

とすると(`/'を付けると)、dir2 の下に dir1 以下のファイル・ディレクトリをコピーする。つまり

dir2/foo、dir2/foo

というファイルができる。